La implementación del Tren Maya ha llevado a la tala de más de 7 millones de árboles entre los años 2019 y 2023, según admitió el gobierno federal en respuesta a una solicitud de información. La sección más afectada por la deforestación es el tramo 5, que conecta Cancún con Tulum, donde se taló un total de 3 millones 505 mil 908 árboles.
El destino de los árboles talados fue revelado en una respuesta proporcionada por Fonatur Tren Maya en enero de 2024. Según la misma, los árboles fueron troceados y triturados, utilizando los residuos vegetales como material para proteger los taludes y conservar las características del suelo a lo largo del Derecho de Vía (DDV).
En contraste con la promesa del presidente López Obrador en 2018 de no talar un solo árbol, la explicación actual del gobierno es que la tala se compensa con medidas de reforestación y la implementación de programas como Sembrando Vida. Se espera que entre 450 y 500 millones de árboles sean sembrados en la zona de influencia del Tren Maya en cinco estados, aunque aún no se ha proporcionado información detallada sobre el progreso de esta tarea.
A pesar de las críticas de grupos ambientalistas por los daños a cuevas, cenotes y acuíferos, así como por la falta de permisos ambientales en algunos tramos, la construcción del Tren Maya ha continuado. Incluso, en el caso del tramo 5, donde se registra la mayor tala de árboles, la obra ha avanzado a pesar de una orden judicial para detenerla y las protestas de activistas.
El gobierno de López Obrador ha defendido la obra argumentando que generará empleos y promoverá el desarrollo en el sureste del país. Sin embargo, la controversia en torno a los impactos ambientales y la gestión de recursos naturales continúa sin resolverse.